Како Том Круз и Кејти Холмс се запознале остана мистерија и по нивниот развод. Иако постојат гласини дека таа била одбрана од Скиентолозите, „Црквата на Скиентологија“ категорично ги негираше тие гласини. Сепак, магазинот Vanity Fair излезе со натпис за процесот на аудиции при потрага на сопруга за славниот актер.
Кејти Холмс не била прв избор за сопруга на Том Круз. Во октомври, 2004 година, процесот бил започнат со британската актерка со иранско потекло, Назанин Бонијади. Според извештајот на Vanity Fair, Скиентолозите прво направиле анкета помеѓу актерките што веќе биле членови на Скиентолошката црква, прашувајќи ги што мислат за Том Круз. По позитивната реакција, Назанин била повикана да излезе со Круз.
Пред првиот состанок, Скиентолозите направиле детално испитување на нејзиниот живот, вклучително и секој детаљ од сексуалното искуство. Откако „поминала“ на аудициите, парот за првпат се сретнал на вечера во Њујорк. Но, тие двајца не биле сами. Околу нив имало голем број помошници, Скиентолози. Бонијанди морала да потпише договор за доверливост, потоа двајцата актери отишле на лизгање во „Рокфелер Центар“ (лизгалиштето било затворено за посетители), по што се повлекле во соба во „Кулата Трамп“, но според извештаите – немале секс.
Подоцна, Круз ѝ кажал на Бонијанди дека „никогаш порано не се почувствувал така“, а нешто подоцна, таа била повикана да се всели во неговиот дом и ѝ била издадена кредитна картичка од продукциската куќа на Круз. Двајцата актери некое време ја делеле спалната соба, но потоа се испоставило дека Круз сака силна жена, како Никол Кидман, по што Бонијанди била ослободена од должноста да биде девојка на Том Круз и била преселена во скиентолошкиот центар за славни личности во Холивуд, а потоа и во објект во Флорида и била замолена да потпише уште еден договор за доверливост.
По кусо време, Бонијанди не можела веќе да издржи и ја раскажала приказната за животот со Том Круз на своја пријателка. Тогаш била казнета во скиентолошкиот центар, со повеќе мерки, меѓу кои и чистење тоалети со четка за заби, чистење плочки со киселина, копање ровови среде ноќ и продавање копии од „Дијанетика“, книгата напишана од основачот на Скиентологија, Л. Рон Хабард. Нормално, Црквата на Скиентологија ги негира сите овие наоди, наведувајќи дека тие не ги казнуваат своите членови, особено не на тој начин.
Во април 2005 година, Том Круз за првпат се појави со Кејти Холмс при промоцијата на својот филм „Војна на световите“ во Европа, а во ноември 2006 година, шест месеци по раѓањето на нивната ќерка Сури, парот стапи во брак. Во јуни, оваа година, Кејти Холмс го изненади славниот актер, со поднесување барање за развод, главно поради скиентолошките навики и неговата намера да ја испрати Сури во тренинг камп за млади Скиентолози. Два месеци подоцна, разводот се официјализираше, а Холмс доби старателство од судот. [Tom Cruise’s Scientology Marriages: The Secret Wife-Auditioning Process Before Katie Holmes, Revealed]
